仓库结构

main 保存整合后的原生产品，2.x 继续用于开发和预发布。 旧 Python 运行时保留用于兼容工作，新的 CLI 与 MCP 行为在 Rust 工作区实现。

路径	负责内容
content/workflow/	主 Skill、快捷入口和阶段参考
content/skills/、roles/、templates/、subjects/	均位于 content/ 下，保存研究指导和可复用产物结构
content/standards/	研究任务与产物契约
content/mcp-contracts/	MCP 工具、参数契约和测试样例
content/distribution/	共享 Plugin 元数据
packages/qiongli-native/apps/qiongli/	原生产品入口、CLI 和 Host 适配
packages/qiongli-native/crates/	共享领域、项目、运行时及安装服务
packages/qiongli-zotero-companion/	安装到 Zotero 内部的扩展
tooling/scripts/native_*.py	原生发布、包管理器和 Marketplace 打包
tooling/release/	发布契约与证据
docs/、docs/zh/	英文与中文文档
docs/architecture/decisions/	已接受和已被替代的架构决策
docs/superpowers/	计划、路线图和证据账本
tests/、evals/	回归与行为检查

保留的旧版与桌面源码

packages/qiongli-desktop/ 和 packages/qiongli-app-api/ 支持保留的 Svelte/Tauri 桌面端。桌面维护与当前 CLI 交付分别处理。 packages/python-qiongli/、packages/npm-qiongli/、packages/qiongli-lite-mcp/ 及旧 MCPB 源码保留用于兼容，不负责生成原生渠道包。 这些目录里的旧 README 也不是当前原生 npm 或 Python 包随附的说明。

生成结果

Plugin 目录、qiongli-workflow/、.agent/、包内资源和已安装缓存都由源文件生成， 不应直接编辑。原生包在临时目录构建，共用 CLI 元数据，但各渠道保留自己的启动包装和安装说明。

根目录 scripts/ 提供稳定命令入口，真正的实现位于 tooling/scripts/。 旧版内容生成方式保留在已标注版本的兼容指南。 新增实现前，请先看编辑约定。